Après la mort du troisième Hokage, beaucoup d'évènements furent bouleversés. Orochimaru avait prouvé sa puissance en attaquant Konoha, et même si il avait échoué, tout le monde savait que Oto no Kuni était un pays très puissant. Les problèmes s'amplifièrent lorsque Suna rendit publique la trahison avec le meurtre de leur Kage, et même si ils avaient conclus une alliance avec le village du feu, ils se detestaient encore et n'attendaient que le moment où l'un d'eux seraient affaiblis. Pendant ce temps, un conflit éclatait entre Iwa et Kumo, conflit auquel Kiri, l'allié de Kumo, participa. Après cette guerre, il ne resta du village des roches qu'un tas de cendre. Voyant que ces deux pays étaient affaiblis, Orochimaru en profita pour envahir les petits pays limitrophes de Taki, Ame et Yuki qui furent écrasés. Oto était à présent le village le plus puissant. Mais un autre problème se montrait : l'organisation anarchiste de l'Akatsuki commencait à devenir de plus en plus puissante à mesure qu'elle possédait des bijuus, et parvint à monter Kumo contre Kiri, ce qui mit fin à leur alliance et fit débuter une guerre. Suna, voyant le pouvoir grandissant d'Oto, en profita pour l'attaquer, mais ce ne fit que diminuer leur deux puissances. Nous voici donc au moment de la Next Gen. Tous les pays sont faibles, mais brûlent de se venger des autres, et aucune alliance n'est possible. Les shinobis des villages détruits rejoignent quand à eux les déserteurs, et ceux-ci construisent ensemble un nouveau village, celui du Thé, situé sur les ruines d'Iwa. Cependant, certains d'entre eux désaprouvent ce projet et c'est ainsi que les ninjas déserteurs se scindent en deux groupes, chacuns aussi malveillants. Pendant ce temps, les membres de l'Akatsuki deviennent de plus en plus puissants, et c'est ainsi qu'ils attaquent Kumo avec tous les bijuus sauf Kyuubi, Ichibi et Nibi qui sont revenus à leurs jinchuurikis. Sans la puissance de ces trois là, ils perdirent, et les six bijuus furent dispersés une nouvelle fois dans le monde. C'est à présent une épque de troubles, où chacun des protagonistes attendent le moment propisce pour poignarder son voisin dans le dos.