Nagi est un village un peu spécial, dont les membres connaissent les secrets des arts oubliés. Ce village à donc deux académies, une apprenant l'art du Mokuton, et une celui du Hyoton, l'art des arbres et l'art de la glace, qui sont de puissants Ninjutsus connus d'un nombre extrèmement réduit de personnes en dehors du village. Vous devez donc dès le début choisir entre maîtriser la Glace ou les Arbres, sachant que chacune des Académies doit avoir le même nombre d'élèves en raison des nombreuses compétitions entre ces deux écoles. Vous y resterez jusqu'au niveau Chuunin, même si vous ferez des missions. Lorsque vous deviendrez Sannin, vous pourrez apprendre l'autre Ninjutsu.